В XV11I – начале XIX века просветительским центром Слободской Украины был Харьковский коллегиум. Его история началась с 1722 г., когда Белгородский епископ Епифаний Тихорский, воспитанник Киево-Могилевской академии, основал в своей епархии при Николаевском монастыре духовную школу. В 1726 году школа была переведена в Харьков как славяно-греко-латинская. Инициатором этого перевода был Князь М.М.Галицин. Духовная школа была расположена в купленном епископом Епифанием Тихорским у полковника Л.Шидловского за 500 карбованцев двухэтажном каменном доме, находящемся рядом с Покровской церковью.
Указом священного синода церковь стала кафедральным собором. В 1734 г. после получения жалованной грамоты императрицы Анны Иоанновны славяно-греко-латинская школа стала именоваться коллегиумом. В системе образования образцом служила Киево-Могилянская академия, но перечень учебных дисциплин был шире: латинский язык, поэтика, риторика, философия, богословие, греческий, французский и немецкий языки, математика, география, физика, история, медицина сельское хозяйство. Богословие преподавалось по Феофану Прокоповичу, риторика и русская словесность по М.Ломоносову. В 1805 г. в библиотеке было более 2000 книг, изданных на разных языках.
В период с 1759-1769г.г. (с перерывами) в коллегиуме преподавал Г.С. Сковорода. В 1817 г. Харьковский коллегиум был преобразован в третьеразрядную семинарию – учебное заведение исключительно для лиц духовного звания. В 1841 г. было упразднено название «коллегиум» и впредь он именовался Духовной семинарией.
В 1851 г. семинария переехала в новое здание, освященное епископом Харьковским и Ахтырским Филаретом.
Вопрос о постройке нового, обширного помещения был поднят святителем Мелетием (Леонтович).
В 1844 г. были выделены деньги и началось строительство на участке в пять десятин на Холодной горе. При семинарии была построена церковь во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова, были обустроены два сада, огород и ботанический сад.
В 1917 г. Харьковскую духовную семинарию (ХДС) закрыли, а некоторых преподавателей репрессировали.
Учебный процесс возобновился в 1993 году, когда трудами митрополита Харьковского и Богодуховского Никодима было открыто Харьковское духовное училище.
Согласно прошения Митрополита Харьковского и Богодуховского Никодима о необходимости преобразования Харьковского двухгодичного училища в духовную семинарию с
четырехгодичным сроком обучения. Священный синод УПЦ под председательством Блаженнейшего Митрополита Владимира 12 сентября 1996 года благословил постановлением № 36 преобразование Харьковского духовного училища, открытого в 1993 году трудами митрополита Никодима, в Духовную семинарию. Долгое время семинария находилась при Свято-Петропавловском храме. В 2000 году трудами владыки Никодима и владыки Онуфрия было восстановлено прежнее здание семинарии, находящееся на территории Свято-Покровского мужского монастыря. Ректор ХДС митрополит Никодим освятил здание семинарии. Таким образом возобновился учебный процесс, прерванный в 1917 году.
На сегодняшний день ХДС является одним из центров духовного образования и просвещения в Украине.